Ավարտել է Վարագավանքի ժառանգավորաց վարժարանը։ Մասնակցել է Վանի«Միություն ի փրկություն» գաղտնի կազմակերպության հիմնադրմանը (1872)։ Արևմտահայերի ազատագրության հարցով զբաղվել է դեռևս 1877 թ. ռուս-թուրքական պատերազմից առաջ։ Հրատարակել է գրքույկներ («Հայրենիքի պահանջներ և հայ գյուղացին», 1881, «Մասիս լեռների հարավային ստորոտներ», 1882)՝ արևելահայությանը արևմտահայերի ծանր կացությանը ծանոթացնելու նպատակով։
Արսեն Թոխմախյանը Թիֆլիսում միացել է «Արծրունու խմբակին»։ 1883 թվականին, Թիֆլիսի նարոդնիկական խմբակի հանձնարարությամբ, անցել է Վան։ 1884 թվականին Աղբակի Սբ. Բարդուղիմեոսի վանքի վանահայրն էր։ 1885 թվական Շատախում ձերբակալվել է, բանտարկվել (մեղադրվել է «Մշակին» թղթակցելու մեջ)։ Բանտից ազատվել է, սակայն Չուխ Գեդուկի կռվից (1889) հետո նորից է ձերբակալվել։ Հետագայում անցել է Պարսկաստան (Դերիկի վանք), այնուհետև Սբ. Ստեփանոս Նախավկայի վանքի վանահայրն էր։ 1891 թվականին, սխալմամբ մեղադրվելով մատնության մեջ, ահաբեկվել է յուրայինների կողմից։
Այս հոդվածի կամ նրա բաժնի որոշակի հատվածի սկզբնական կամ ներկայիս տարբերակը վերցված է Քրիեյթիվ Քոմմոնս Նշում–Համանման տարածում 3.0 (Creative Commons BY-SA 3.0) ազատ թույլատրագրով թողարկված Հայկական սովետական հանրագիտարանից (հ․ 4, էջ 196)։
Այս հոդվածի կամ նրա բաժնի որոշակի հատվածի սկզբանական տարբերակը վերցված է«Հայկական հարց» հանրագիտարանից, որի նյութերը թողարկված են Քրիեյթիվ Քոմմոնս Նշում–Համանման տարածում 3.0 (Creative Commons BY-SA 3.0) թույլատրագրի ներքո։